Ambiguïté des termes variant, polymorphisme et mutation
Les termes variant ou variation de séquence sont des descripteurs neutres qui désignent toute différence entre la séquence observée et la séquence de référence (sans égard aux conséquences phénotypiques ou fonctionnelles), alors que mutation est utilisé pour désigner l'événement moléculaire qui produit une variation. Dans le langage médical courant, le terme mutation reste toutefois utilisé pour désigner une variation susceptible d'engendrer un phénotype morbide (au moins à l'état homozygote).
Variations qualitatives et quantitatives du génome normal
La séquence d'un génome individuel peut différer grandement de la séquence canonique. Les variants qualitatifs sont toutes les substitutions de nucléotides qui distinguent l'ADN d'un individu de la séquence de référence. Selon la fréquence de l'allèle minoritaire, on distingue les variants rares, portés par moins de 1 % de la population (single nucleotide variant [SNV]) et les variants communs, ou polymorphismes de séquence, présents chez plus de 1 % (single nucleotide polymorphism [SNP] ou « snip »). Les variations quantitatives de la séquence se répartissent également en 3 groupes arbitraires que l'on distingue pour des raisons pratiques, en fonction de leur mode de détection en routine, et non en raison d'une différence biologique fondamentale (Tableau S24-P01-C03-I).
Tableau S24-P01-C03-I Spectre des variants génomiques....