Les trypanosomoses sont dues à des protozoaires flagellés du genre Trypanosoma qui infectent les cellules du système réticulo-endothélial. Deux espèces peuvent infecter l'Homme : Trypanosoma brucei, responsable de la trypanosomose africaine (maladie du sommeil), transmise par la piqûre de la mouche tsé-tsé et Trypanosoma cruzi, responsable de la trypanosomose américaine (maladie de Chagas) transmise par les déjections de réduves (punaises). D'autres espèces de trypanosomes infectent uniquement les animaux. Les trypanosomoses du bétail constituent un véritable fléau pour l'élevage en Afrique.
Les trypanosomes se multiplient par division binaire. Les formes mobiles, extracellulaires sont dites trypomastigotes. Le terme « mastigote » vient du grec qui signifie « fouet », en référence à la présence de flagelle. Les formes infectieuses (métacycliques) sont localisées dans les glandes salivaires (mouches tsé-tsé) ou dans les déjections (réduves) des insectes vecteurs. Les formes trypomastigotes circulent dans le sang des mammifères. Elles mesurent de 17 à 30 μm et possèdent, en plus du flagelle, une membrane ondulante (Figure S32-P04-C07-1).

